咖啡豆是咖啡樹結的籽。在經過了3-4年的生長，咖啡樹日漸成熟，開始結果一粒粒果實會沿著樹枝排成串或簇成團。籽的外面是一層果皮，一變紅就可以摘了。紅皮（外果皮）下面有一層果肉（中果皮），里面是一個小薄層，再往里是一層像羊皮紙一樣的物質——內果皮。在所有這些果皮的里面通常有兩粒平面相對的豆子，豆子外面有一層薄膜或外皮。大多數阿拉伯咖啡豆的成熟期是6-8月，羅百氏特咖啡豆是9-10月。因此，雖然在一些干濕季不明顯的國家，如哥倫比亞、肯尼亞，一年有兩次花期，也就是有大小兩次收成，但嚴格意義上說一年只有一次。由于地區不同，收獲時期也各不相同。赤道以北（如埃塞俄比亞和中美洲）的地區一般在9-11份收獲一次。赤道以南，如巴西和津巴布韋地區，盡管收獲期能持續到8月份，但主要的一次是在4月或5月。赤道地區的國家，如烏干達和哥倫比亞，全年都能收獲，尤其是那些能善于利用各種不同海拔高度的種植園。因此，一年的多數時間都可能有新收的咖啡豆。就采摘本身來講，有兩種方式：一種是成片采摘，也就是在園子里走一趟就把所有的豆子都摘完；另一種是有選擇的采摘，也就是以8-10天為間隔，在樹間走幾次而且只摘那些已熟透的紅色漿果。有選擇的采摘比成片采摘費用高，勞動量大，一般只用于阿拉伯咖啡豆，尤其是那些需要經過水洗的阿拉伯咖啡豆。所摘的咖啡豆的數量取決于多種因素，最顯而易見的就是樹的高矮和農場或種植園的布局。

一般的農場平均每個采摘工一天能摘50-100公斤。可是這些重量中只有20%是真正的咖啡豆，因此平均每個采摘工只能摘10-20公斤咖啡豆。咖啡豆裝在標準重量為45-60公斤的袋子里。因此，一個工人需要3-6天的時間才能裝滿一袋。有人計算過，一種植園或農場收獲時的費用是全年總費用的一半。在巴西，人們已多次嘗試用機械采摘來降低這些費用。這種機器能橫跨在咖啡樹上搖動樹枝，這樣那些因熟透而變得松動的漿果就會掉下來落入漏斗里。機械采摘機只在自然條件較好的地帶適用，而且它們需要事先調整，因為只有在能一排排地把樹種得很直的地方才能使用這種機器，事后還需要檢查機器采摘的咖啡豆，把掉在漏斗里的葉子和樹枝揀出去。所以，很大一部分咖啡都是手工采摘的，這就需要大量的季節性勞作，采摘工也得注意不能摘不熟的、壞的或太熟的咖啡豆，因為它們會影響所收獲咖啡的整體品質。那些已經不太好的咖啡豆被稱作普通的、酸的或發酵的而加以分類，最后一種是極差品。